Ultraman Saga dibuka dengan penglihatan apokaliptik yang kuat tentang kota Tokyo; bangunan-bangunan hancur dan kota tersebut tampak tak bernyawa. Kita segera diperkenalkan dengan Earth Defense Force (EDF), yaitu Tim U (yang diperankan oleh anggota grup idola wanita AKB48). Mereka bersama sekelompok anak kecil adalah penyintas terakhir di planet Bumi setelah dunia diinvasi oleh Alien Bat yang jahat, sementara sisa populasi manusia lainnya telah diculik.
